医院目前有沈河、和平、北陵3个院区和4个派驻门诊部。沈河院区主要承载师以上首长救治、学术交流、战救及临床技能培训任务，是全院各院区医疗救治的总依托。和平院区主要承载科研教学、卫勤战备、专科患者救治，是军事医学研发、军地两用人才培训的重要平台。北陵院区主要开设康复医学科，负责伤病员术后康复任务。派驻门诊部主要承担战区机关、各军兵种、省军区等服务保障任务。各点位相对独立，又交叉融合，功能互补，形成了资源整合、功能耦合、发展聚合的部署格局。
医院紧盯战场、贴近临床，持续抓重大课题的协作攻关、重大奖项的联合申报、重大影响论文的集中研究，科研创新成果应运而生，先后获得各类科技进步奖1421项，军队医疗成果奖184项，其中国家科技进步一等奖1项、二等奖3项、三等奖3项；军队科技进步一等奖2项、二等奖53项；军队医疗成果一等奖5项、二等奖31项；国家中药一等奖1项、国家发明奖三等项、四等奖2项；何梁何利科学技术进步奖2项；辽宁省科技功勋奖1项，辽宁省科技进步一、二等奖57项；获得国家、军队、省部级各类课题727项，共获各项科研资助经费1亿8千余万元。
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