医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
为满足大众对连续性、综合性医疗服务日益增强的需求，内科学系的新专业——普通内科于2004年3月在北京协和医院率先成立。作为国内个集医教研为一体的学术性普通内科，我科为不同患者人群提供多层次的医疗服务：
1、内科常见病、多发病患者：我们为患者提供基本医疗与专科医疗相互协调的高质量的医疗服务。
2、发热、多系统损害等诊断不清的患者：几年来成功诊治了来自全国各地的大量疑难病、罕见病患者。在兄弟科室的支持下，我科已成为北京协和医院公认的内科疑难病诊治平台。
3、痛风专病门诊：为痛风患者进行诊断和，同时注重长期随诊和非干预。
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》。在入榜的100家医院中，有37个是专科医院，北京协和医院位列。 [1]
2019年11月10日，复旦版《2018年度中国医院排行榜》发布，北京协和居首。 [3]
2021年11月20日，复旦版《2020年度中国医院综合排行榜》正式发布，北京协和医院稳居。
1. 炎性肠病疑难病会诊中心简介：肠道疾病是我国常见疾病，随着人们生活习惯的改变，炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）在逐年增加。目前炎症性肠病是消化系良性疾病中诊断和困难的疾病之一，该类疾病涉及多系统受累,需要多科协作,联合诊治。 炎性肠病疑难病会诊中心成立于2013年，汇聚我院11大科室，包括消化内科、基本外科、感染内科、风湿免疫科、儿科、临床营养科、病理科、放射科、超声科等。
2. 会诊疾病适应证：肠道疾病的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约消化内科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；