在无菌车间中，使空间内达到无菌要求，就是室内环境控制的重点。控制微生物的生长、杀灭或去除微生物的方法通常有两种，一种为化学类，另一种为物理类。其中，化学方法有化学剂、气化双氧水、臭氧和环氧乙烷等;物理方法有湿热或干热、辐射和过滤等。
无尘无菌车间是车间既能达到无尘效果，又能达到无菌效果的一种新有名词。它是污染控制的源头。在工厂里，没有无尘室，污染敏感度高的零件不可能批量生产。无尘无菌车间被定义为具备空气过滤、优化、构造材料和组装的房间，其中特定的规定操作程序是控制空气悬浮微粒浓度，从而达到其规定的标准。
无菌容器和密封件以及灌装封口作业的局部暴露区域内空气的洁净度应达到100级要求，该洁净度下每立方米空气中含有≥0.5靘的粒子数应不得过3500个，空气浮游菌的含量应不得超过5CFU/m3。
无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经过滤器过滤后呈单向流态（层流）输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。
承接食品厂无菌车间工程，对超高温有蒸煮味的物料可采用高温短时，此种方法可较好保持产品的营养、风味，其典型应用是对牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根据不同场合各种剂或紫外线、辐射、微波照射等以达到目的。