1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
在条件较困难的地方，也可以用木制无菌箱代替超净台。无菌箱结构简单，便于移动，箱正面开有两个洞，不操作时用推拉式小门挡住，操作时可以将双臂伸进去。正面上部装有玻璃，便于在内部操作，箱内部装有紫外线灯，从侧面小门可以放进去器具和菌种等。
定期检查室内空气无菌状况，数应控制在10个以下，发现不符合要求时，应立即彻底。/无菌室无菌程度的测定方法：取普通肉汤琼脂平板、改良马丁培养基平板各3个（平板直径均9厘米），置无菌室各工作位置上，开盖曝露半小时，然后倒置进行培养，测总数应置37℃温箱培养48小时；测霉菌数则应置27℃温箱培养5天。`霉菌总数均不得超过10个为 。
接种针每次使用前后，必须通过火焰燃烧，待冷却后，方可接种培养物 。带有菌液的吸管、试管等器皿应浸泡在盛有5%的来苏儿溶液的桶内，24h 取出冲洗;培养皿则需在高压器中重新后方可处理营养基，切记不要直接冲入下水道中，防止阻塞。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用 5%石碳酸溶液或 3%的来苏儿倾覆在被污染处至少 30min，再做处理，工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽后洗涤 。